Единоличным исполнительным органом МАУК ДО «ДМШ № 3 имени Д. Д. Шостаковича» является директор школы, который осуществляет текущее руководство ее деятельностью. Коллегиальными органами управления школы, обеспечивающими государственно-общественный характер управления, являются Общее собрание работников школы, Педагогический совет, Наблюдательный совет.

Структура, порядок формирования, срок полномочий и компетенция органов управления образовательной организацией, порядок принятия ими решений устанавливаются Уставом образовательного учреждения, соответствующими локальными актами, принимаемыми школой и утверждаемые директором.

Для координации усилий по обеспечению образовательного процесса, инновационной деятельности педагогического коллектива в школе действует Методический совет, который разрабатывает и формулирует стратегически важные предложений по развитию научно‑методического обеспечения образовательных процессов школы.

В управлении школой принимает участие Учредитель.

В целях учета мнения обучающихся, родителей (законных представителей) несовершеннолетних обучающихся, педагогических и иных работников по вопросам управления школой и при принятии ею локальных нормативных актов, затрагивающих их права и законные интересы, по инициативе обучающихся, родителей (законных представителей) несовершеннолетних обучающихся, педагогических и иных работников в школе действуют их представительные органы: Совет родителей (законных представителей) несовершеннолетних обучающихся и профсоюзная организация работников школы.